Shadow the Hedgehog ripercorre le oscure origini del personaggio omonimo, accennate in Sonic Adventure 2, ma mai approfondite prima. Il gioco permette di scegliere se fare di Shadow un personaggio malvagio, buono o neutrale durante la ricerca della verità sul suo passato: a seconda delle scelte effettuate, si accede a livelli e finali differenti, il che contribuisce ad aumentare la longevità del videogioco. Una volta sbloccati tali finali, si potrà accedere alla conclusione canonica. Il gioco presenta un gameplay non lineare, nel quale il protagonista può utilizzare una varietà di armi da fuoco per sconfiggere i nemici e progredire con la storia.[8]
Il team di sviluppo voleva realizzare un gioco su Shadow per sfruttare la popolarità del personaggio e risolvere i misteri della sua storia iniziati in Sonic Adventure 2.[8] È stato prodotto da Yuji Naka e diretto da Takashi Iizuka, il quale decise di attirare un pubblico di giocatori più adulti, introducendo elementi cupi e inappropriati per la serie, come la possibilità di usare armi da fuoco e la presenza di alcuni linguaggi volgari. Di conseguenza, si tratta del primo titolo della serie ad avere ricevuto una classificazione per etàE10+ negli Stati Uniti e PEGI 12+ in Europa.[8]
Rappresenta uno dei pochi titoli della serie a non presentare Sonic come personaggio principale e giocabile[9]. Il gioco presenta (tranne Big the Cat e Metal Sonic) tutti i personaggi principali della serie apparsi in Sonic Heroes. Di fatto il titolo è un diretto seguito del videogioco già citato[10] ed è anche l'ultimo a presentare le caratteristiche e gli elementi della saga degli Adventure.